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医学实验动物研究所成立于1980年，是中国医学科学院的专业研究所之一。研究所是从事实验动物学和比较医学科研与教学的专业研究所，是国内唯一的集实验动物和疾病动物模型资源创制、保种和生产供应、比较医学技术研究、及实验动物技术培训于一体的研究单位，是国家级的传染病和新药创制研究的实验动物技术平台的承担单位，是卫生部人类疾病比较医学重点实验室和国家中医药局三级实验室。研究所通过了国家实验室认可及国际AAALAC认证。
研究所使命是为生物医药研究提供实验动物资源、人类疾病模型资源、比较医学分析、评价技术服务和人才培训，实现实验动物资源、技术、信息交流和人才的支撑。
研究所主要研究领域包括：基因工程动物模型研制；人类疾病动物模型的研制；比较医学研究；实验动物品系的保种和供应；实验动物质量检测技术研究。
自成立至今共培养112名研究生（66名硕士，46名博士），5名博士后；定期举办实验动物专业的培训班，每年两次的上海地区的实验动物上岗培训。积极参加中国科协主办的科技周和科普日宣传活动，向公众普及了实验动物科学知识、先进技术和理念，提高大众对实验动物的科学认识，增强民众的实验动物知识素养。
研究所是中国唯一的国家级实验动物学和比较医学专业研究机构，并在以下三个方面引领国内实验动物学科的发展，是国内实验动物学界与国际交流的窗口。
（1）研究所是全国实验动物质量检测中心和卫生部质量检测中心的挂靠机构，负责对全国的质量检测分中心提供技术支持和监督；
（2）研究所是中国实验动物学会和中国实验动物标准化委员会的挂靠单位，是《中国实验动物学报》和《中国比较医学杂志》的发行单位，是全国实验动物人才的培训基地；
（3）研究所是国家级的传染病防治和新药创制研究项目的实验动物技术平台承担单位，负责提供实验动物资源和技术服务。
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